在水产养殖过程中，由于人工投饵和施肥，随着养殖时间的延长，水体中的化学需氧量、氨氮和亚硝酸盐含量不断增加，导致水质恶化，抑制了养殖生物的正常生长，甚至引起疾病的发生。 枯草芽孢杆菌没有毒性，在水产养殖中逐渐得到养殖户的信赖，受水体环境的影响
（1）繁殖速度快、活力强，具有高效分解有机物的特点。池塘中的残饵粪便淤积在池塘中很容易造成水质老化、底部发臭现象，必须短时间内快速将有机物分解掉，才能保证养殖的正常进行。
（2）耐低温。一般枯草芽孢杆菌在30℃以上具有快速繁殖的特点，但低于25℃时却往往繁殖的较慢，而水产养殖中很多时候温度是低于25℃的，低于25℃时能够保持在对数生长期的枯草芽孢杆菌才是更有利于水产养殖用的芽孢菌。
（3）抑制条件致病菌。枯草芽孢杆菌菌体生长过程中产生的枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质，这些活性物质对致病菌或内源性感染的条件致病菌有明显的抑制作用。
（4）促进消化，提高免疫力。枯草芽孢杆菌自身合成α-淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶等酶类，在消化道中与动物体内的消化酶一同发挥作用，能合成维生素B1、B2、B6等多种B族维生素，提高动物体内的干扰素和巨噬细胞的活性。
水产养殖过程中，枯草芽孢杆菌的具体应用情况如下：
（1）底质发黑、水体老化时，枯草芽孢杆菌可有效分解底泥和死亡藻类，增强水体活力。
（2）水体有机物过多，水质浑浊时，枯草芽孢杆菌可分解悬浮的有机物，增强水体的通透性。
（3）氨氮、亚硝酸盐偏高时，枯草芽孢杆菌可吸收和消化这些有害物质，增强养殖的安全性。
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